分子雜交爐堿變性提取質粒DNA是基于染色體DNA與質粒DNA的變性與復性的差異而達到分離目的。在pH高達12.6的堿性條件下，染色體DNA的氫鍵斷裂，雙螺旋結構解開而變性。質粒DNA的大部分氫鍵也斷裂，但超螺旋共價閉合環狀的兩條互補鏈不會完全分離，當以pH4.8的NaAc高鹽緩沖液去調節其pH至中性時，變性的質粒DNA又恢復原來的構型，分子雜交爐保存在溶液中，而染色體DNA不能復性而形成纏連的網狀結構，通過離心，染色體DNA與不穩定的大分子RNA、蛋白質-SDS復合物等一起沉淀下來而被除去。

分子雜交爐注意事項     

1.  當RNApure Reagent用量少于2ml時建議使用清潔的一次性的聚丙烯材質試管。

2.  當RNApure Reagent用量較大時，可以使用玻璃試管(Corex)或聚丙烯材質試管，事先檢驗以確保該試管可以耐受加入RNApure Reagent和氯仿后12,000×g的離心力。不可使用有裂縫或者破損的試管。

3.  離心前小心平衡試管。

4.  離心前玻璃管口必須蓋上鋁箔并用石蠟膜封口，聚丙烯管必須蓋緊。

5.  從少量的組織(1~10mg)或細胞(102~104)中分離RNA樣品：調整樣品體積到0.25ml，往組織或細胞中加入0.75ml RNApure Reagent。分子雜交爐待樣品裂解后，加入氯仿并進行步驟2中的抽提操作。在用異丙醇沉淀RNA之前，加入5~10μg無RNA酶的glycogen作為水樣層的載體。為降低其黏度在加入氯仿前用26號注射器抽吸兩次以切斷基因組DNA。Glycogen會留在水樣層中并和RNA共析出。在濃縮到4mg/ml之前它不會抑制逆轉錄反應**鏈的合成也不會抑制PCR。

6.  在勻漿化后和加入氯仿之前，樣品可以在–60~–70°C保存至少一個月。RNA沉淀（步驟4，RNA漂洗）放置于75%的乙醇在2~8°C至少可以保存一周，在–5~–20°C下至少可保存一年。

7.  臺式離心機分子雜交爐*大能達到2,600×g的離心力的，如果將離心時間延長到30~60分鐘可以滿足步驟2和步驟3中的操作。